Керівництво «Південкомбанку» протягом 2011-2014 років уклало ряд сумнівних кредитних договорів з різними афілійованими юридичними особами, прямо або побічно пов'язаними з власниками та керівниками банку, на загальну суму понад 4 млрд грн. Про це повідомили у прес-службі Фонду гарантування вкладів фізичних осіб (ФГВФО).
У заставу фінустанові в основному були передані малоліквідні застави - рухоме майно, цінні папери і у 75% випадків - товари в обороті, а саме відходи збагачення залізних руд. Заборгованість за договорами склала 6 млрд грн.
Крім того, слідством встановлено, що більшість компаній-боржників у 2015 році почали процедуру банкрутства і майже всі вони зараз знаходяться у стані ліквідації.
Відзначається, що у 2012 році банк відкрив кореспондентські рахунки у Meinl Bank AG. А у 2014 році, після введення тимчасової адміністрації, з кореспондентського рахунку Південкомбанку австрійським банком списано 38 млн доларів, які служили забезпеченням по кредиту між Meinl Bank і компанією-нерезидентом.
У вересні 2014 року ФГВФО звернувся до Національного банку України з пропозицією про відкликання банківської ліцензії та ліквідації «Південкомбанк».
28 квітня 2017 року співвласнику «Південкомбанку» та шести керівникам комерційних структур-боржників банку було повідомлено про підозру у вчиненні кримінального злочину.